Cambio de criterio del TEAC sobre rectificación de cuotas de IVA

El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) en su resolución RG 00/6764/2023, de 24 de marzo de 2026, cambia su criterio interpretativo sobre la forma de rectificar cuotas del Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA) repercutidas en exceso en periodos de liquidación previos y, en concreto, sobre los procedimientos previstos en los apartados a) y b) del artículo 89.Cinco, de la Ley 37/1992, del IVA.

En concreto, la nueva resolución supone un cambio de criterio interpretativo del TEAC respecto al mantenido en resoluciones previas (como las de 20 de septiembre de 2012, RG 00/03223/2010, y de 17 de marzo de 2016, RG 00/03868/2013).

Recordemos que el artículo 89.Uno de la Ley del IVA (que tiene su origen en el artículo 90.1 de la Directiva 2006/112/CE del IVA) establece que los sujetos pasivos deben efectuar la rectificación de las cuotas del IVA repercutidas “cuando el importe de las mismas se hubiese determinado incorrectamente o se produzcan las circunstancias que, según lo dispuesto en el artículo 80 (…), dan lugar a la modificación de la base imponible”.

La rectificación puede suponer un incremento o disminución de las cuotas inicialmente repercutidas y, por dicho motivo, el propio artículo 89 de la Ley del IVA prevé ambas posibilidades en su apartado cinco. La controversia se ha planteado cuando la rectificación supone una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas. En este escenario, el artículo 89.Cinco de la Ley del IVA prevé dos procedimientos para regularizar el ingreso efectuado en exceso en la autoliquidación del IVA previa:

• Iniciar ante la Administración tributaria el procedimiento de rectificación de autoliquidaciones previsto en el artículo 120.3 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria (“LGT”), y en su normativa de desarrollo (letra a) del artículo 89.Cinco Ley del IVA).
• Regularizar la situación tributaria en la declaración-liquidación correspondiente al periodo en que deba efectuarse la rectificación o en las posteriores hasta el plazo de un año a contar desde el momento en que debió efectuarse la mencionada rectificación (letra b) del artículo 89.Cinco Ley del IVA).

El criterio administrativo tanto del TEAC como de la Dirección General de Tributos (DGT) —véase las resoluciones, entre otras muchas, V1403/22, V0103/24 y hasta V2004-24— ha sido entender que la opción prevista en la letra a) únicamente puede seguirse en el supuesto en que el ingreso originario tuviera la naturaleza de ingreso indebido; es decir, se tratara de “cuotas repercutidas indebidamente que no debieron ser repercutidas en la cuantía en lo que fueron inicialmente (porque así lo ha fijado una resolución administrativa o judicial, o bien se determinaron improcedentemente o por un incorrecta aplicación de las normas, etc)”. Por tanto, entendía el TEAC (y la DGT) que la primera de las opciones va intrínsecamente unida al carácter o naturaleza del ingreso efectuado, puesto que únicamente podía el sujeto pasivo acudir a ella si se trataba de un ingreso indebido; de forma que cuando la repercusión fue debida, y, por una circunstancia sobrevenida, posterior al devengo, proceda rectificar a la baja las cuotas devengadas y repercutidas, el procedimiento de regularización que debía seguirse, a juicio del TEAC (y de la DGT), era el de la letra b).

Además, también entendían el TEAC y la DGT que para acudir a la vía de la letra a) era necesario cumplir con todos de requisitos que fija el artículo 14 del Reglamento general en materia de revisión en vía administrativa, aprobado  por el Real Decreto 520/2005. Entre dichos requisitos se exige (art. 14.2.c.4º) que el destinatario de la operación no tenga derecho a la deducción del IVA soportado; motivo que conllevó que la Administración tributaria negara la regularización del IVA en el caso objeto de análisis por el TEAC en su resolución de marzo de 2026.

Esta doctrina se vio modificada parcialmente desde las resoluciones del TEAC de 22 de noviembre de 2023 (RG 00/06793/2021) y de 27 de septiembre de 2024 (RG 00/02080/2023), acogidas por la DGT en V0255-25, para un caso muy especial “cuando la repercusión inicial fue debida conforme a las circunstancias existentes en el momento del devengo, pero posteriormente acontecen circunstancias que obligan a modificar dicha repercusión, la repercusión habría devenido en indebida”.

Sin embargo, el caso de la controversia de la resolución del TEAC de marzo de 2026 no entraba en este nuevo criterio, sino que derivaba de una solicitud de rectificación de las autoliquidaciones de IVA (modelos 303) de diversos períodos de 2009 y 2010, a fin de recuperar las cuotas indebidamente repercutidas en exceso por parte de una Unión Temporal de Empresas (UTE), sujeto pasivo del IVA; es decir, se acudió a la vía del artículo 89.Cinco.a) de la Ley del IVA. Debemos partir de que el caso es bastante particular, ya que se inició con un procedimiento en el que la UTE reclamaba determinados importes, mientras que la entidad destinataria de los servicios consideró que lo ya pagado eran importes excesivos. Un Tribunal arbitral dio la razón a la entidad destinataria, y, con motivo de ello, la UTE tuvo que emitir facturas rectificativas en favor de la destinataria original. Acto seguido, la UTE pretendió rectificar las cuotas originales de IVA.

La Administración tributaria desestimó las solicitudes de rectificación, considerando que la recuperación de las cuotas repercutidas podía exclusivamente articularse a través del mecanismo previsto en la letra b) del artículo 89.Cinco Ley del IVA (regularización en la autoliquidación del período en que se debió efectuar la rectificación o en las posteriores, dentro del plazo de un año), y negando la posibilidad de acudir al procedimiento de rectificación de autoliquidaciones del artículo 120.3 de la LGT (letra a) del artículo 89.Cinco Ley del IVA) dado que el destinatario de la operación tenía derecho a la deducción y lo había ejercitado.

A la luz del criterio jurisprudencial del Tribunal Supremo (en sus sentencias de 5 de febrero de 2018, recurso 646/2017 —ECLI:ES:TS:2018:304—, de 27 de septiembre de 2022, recurso 5052/2020 —ECLI:ES:TS:2022:3415—, y de la Audiencia Nacional (sentencia de 12 de abril de 2021, recurso 694/2017 —ECLI:ES:AN:2021:1556—), y del principio de neutralidad del IVA y del principio de buena administración, el TEAC concluye:

• El artículo 89.Uno Ley del IVA establece un plazo general de cuatro años para la rectificación de las cuotas impositivas repercutidas, tanto si la rectificación es al alza como a la baja, contado desde el momento del devengo del impuesto o desde que se producen las circunstancias de modificación de la base imponible del artículo 80 Ley del IVA.
• Una vez rectificadas las cuotas (normalmente mediante la emisión de facturas rectificativas), el artículo 89.Cinco de la Ley regula la regularización de la situación tributaria del sujeto pasivo. Cuando la rectificación implica una minoración de las cuotas repercutidas, el propio precepto reconoce dos alternativas, entre las que puede elegir el sujeto pasivo:
• Letra a): iniciar ante la Administración tributaria el procedimiento de rectificación de autoliquidaciones previsto en el artículo 120.3 de la LGT (con el plazo general de prescripción de cuatro años desde el día siguiente al fin del plazo de presentación de la autoliquidación originaria).
• Letra b): regularizar las cuotas de IVA repercutido rectificadas en la autoliquidación correspondiente al período en que se emite la factura rectificativa o en las posteriores, dentro del plazo de un año desde la emisión de dicha factura, con la obligación de reintegrar al destinatario las cuotas repercutidas en exceso.

• Esta posibilidad de elección no queda condicionada o limitada por la naturaleza del ingreso (debido o indebido en origen).
• De la jurisprudencia citada por el TEAC se infiere que el cauce del artículo 89.Cinco.b) Ley del IVA constituye el “procedimiento ordinario” de regularización cuando se han repercutido cuotas en exceso, pero el propio artículo 89.Cinco prevé expresamente una vía alternativa igualmente válida: la rectificación de autoliquidaciones del artículo 120.3 de la LGT (letra a).
• A esta segunda vía también puede acudir el destinatario de la operación que soportó la repercusión en exceso del IVA, como consecuencia de la resolución o modificación de la operación. El Tribunal Supremo (en su sentencia de septiembre de 2022, recurso 5052/2020 —ECLI:ES:TS:2022:3415—) ha admitido, además, que el destinatario puede acudir a esta vía a pesar de no actuar como empresario o profesional.
• Ello lleva al TEAC a admitir la vía del artículo 89.Cinco.a) de la Ley del IVA en el supuesto objeto de controversia en que el destinatario de la operación tenía derecho a la deducción de las cuotas soportadas. 

La vía del artículo 89.Cinco.a) de la Ley del IVA conlleva tener que solicitar la rectificación de la autoliquidación previa mediante un escrito dirigido a la Administración tributaria, sin que, para ello, pueda presentarse una autoliquidación rectificativa. El artículo 74 bis del Reglamento del IVA excluye estos supuestos de la nueva figura de la autoliquidación rectificativa, lo que resulta del todo lógico, al estar legitimado para efectuar dicha solicitud, como se ha comentado, no solo el sujeto pasivo del IVA sino también el destinatario de la operación —quien difícilmente podría presentar una autoliquidación rectificativa del sujeto pasivo—.

La resolución del TEAC es de gran relevancia práctica al reforzar una interpretación flexible del artículo 89 de la Ley del IVA en aras a garantizar el Principio de neutralidad.  Debe evitarse un enfoque formalista que impida la efectiva recuperación de cuotas de IVA repercutidas en exceso, en línea con la Directiva 2006/112/CE (artículo 90) y con la jurisprudencia del Tribunal Supremo y de la Audiencia Nacional.

Otra cuestión es cómo deben regularizarse las correspondientes cuotas del IVA soportado por parte del destinatario de la operación (de conformidad con lo que dispone el artículo 114 de la Ley del IVA).

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