La compensación de cuotas negativas en el Impuesto sobre Sociedades de las cooperativas

Como es sabido el Tribunal Constitucional (TC) declaró, mediante su sentencia 11/2024 de 18 de enero de 2024 (ECLI:ES:TC:2024:11), inconstitucionales y nulos determinados preceptos del Real Decreto-ley 3/2016 (“RDL 3/2016”), de 2 de diciembre, por el que se adoptaron medidas muy relevantes en el Impuesto sobre Sociedades (“IS”) para hacer frente al déficit público. Sobre dicha sentencia de inconstitucionalidad puede verse nuestro Post | Publicada en el BOE la sentencia sobre el RDL 3/2016.

Uno de los preceptos que fue declarado inconstitucional fue el artículo 3.Primero.Uno, mediante el que se incluyeron unos mayores límites (del 25% o 50%, en lugar del 70%) en la compensación de bases imponibles negativas (BINs) para las entidades y grupos fiscales, contribuyentes del IS, con un importe neto de la cifra de negocios (“INCN”) de, al menos, 20 millones de euros. Dicho límite fue aprobado por el RDL 3/2016 junto con otra medida, que constituye su “espejo”, vinculada al régimen fiscal de las Cooperativas. En concreto, el artículo 1.Primero del RDL 3/2016 introdujo una nueva disposición en la Ley 20/1990, de 19 de diciembre, sobre Régimen Fiscal de las cooperativas, con efectos para los periodos impositivos iniciados a partir de 1 de enero de 2016, con la siguiente redacción: 

«Disposición adicional octava. Límites aplicables a la compensación de cuotas tributarias negativas.

En el caso de cooperativas cuyo importe neto de la cifra de negocios sea al menos de 20 millones de euros durante los 12 meses anteriores a la fecha en que se inicie el período impositivo, el límite establecido en el apartado 1 del artículo 24 de esta Ley se sustituirá por el siguiente:

– El 50 por ciento, cuando en los referidos 12 meses el importe neto de la cifra de negocios sea al menos de 20 millones de euros pero inferior a 60 millones de euros.

 – El 25 por ciento, cuando en los referidos 12 meses el importe neto de la cifra de negocios sea al menos de 60 millones de euros.

La limitación a la compensación de cuotas negativas no resultará de aplicación en el importe de las rentas correspondientes a quitas y esperas consecuencia de un acuerdo con los acreedores no vinculados con el contribuyente.»

Se produce la paradoja de que la mencionada sentencia del TC 11/2024, de 18 de enero de 2024, no se pronunció sobre la eventual inconstitucionalidad de las mayores limitaciones a la compensación de las cuotas tributarias negativas (CINS) de las sociedades cooperativas, porque la disposición adicional octava de la Ley 20/1990 no se encontraba entre los preceptos sometidos al juicio del TC. Desafortunadamente, el TC no optó por extender su fallo de inconstitucionalidad por “conexión o consecuencia” a la limitación en el régimen fiscal de las cooperativas, haciendo uso de la posibilidad que ofrece el artículo 39.Uno de la Ley Orgánica 2/1979, 3 de octubre, del Tribunal Constitucional (“LOTC”).

La situación descrita ha supuesto que las mayores limitaciones (del 25% o 50%) a la compensación de CINS de las cooperativas, con un INCN de los doce meses previos de, al menos, 20 millones de euros, sigan vigentes desde el ejercicio 2016, pese a que el precepto que las regula (la disposición adicional octava de la Ley 20/1990, copiada previamente e introducida por el artículo 1.Primero del RDL 3/2016) tenga una clara y directa conexión con la medida genérica de compensación de BINs (de la disposición adicional decimoquinta de la Ley 27/2014 del IS, introducida también por el RDL 3/2016), que sí que fue declarada inconstitucional.

No obstante, la Sección 2ª de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la Audiencia Nacional ha promovido una cuestión de inconstitucionalidad (“CI”) —la CI. 7121/2025—, en relación con la constitucionalidad de las mayores limitaciones a la compensación de CINS de las sociedades cooperativas.

La CI. 7121/2025 no ha sido, por el momento, admitida a trámite por el TC. Por el momento, el Pleno del TC del pasado 18 de noviembre de 2025 solicitó, de conformidad con lo previsto en el artículo 37.1 de la LOTC, alegaciones al Ministerio Fiscal (ver resultado del Pleno). La cita al artículo 37.1 de la LOTC no nos permite ser optimistas respecto a una futura admisión a trámite de esta CI, dado que tal norma prevé la audiencia al Ministerio Fiscal cuando el TC se está planteando inadmitir la CI por considerar que faltan condiciones procesales o fuere notoriamente infundada; aunque habrá que estar atentos a la evolución del proceso. En cualquier caso, conviene ya advertir que, si no prosperara la admisión a trámite, por ejemplo, por entender el TC que en el auto de planteamiento se formulase de forma deficitaria el juicio de aplicabilidad o de relevancia, no puede descartarse que acabe prosperando otra CI, en un segundo planteamiento, como ocurrió con la primera CI 2448/2021 (ECLI:ES:TC:2022:20A) sobre el RDL 3/2016.

Por otra parte, el Pleno del TC del pasado 18 de noviembre de 2025 también estimó, mediante auto, la solicitud de abstención formulada por un magistrado para apartarse definitivamente tanto de la CI. 7121/2025 (ver resultado del Pleno), como, de la otra CI. 6933/2025 (ver resultado del Pleno) promovida (también por la Audiencia Nacional) respecto a otro precepto del RDL 3/2016, pendiente también de admisión a trámite por el TC. Nos referimos a la CI relativa a la no deducibilidad en el IS de las rentas negativas derivadas de la transmisión de participaciones en otras entidades regulada en el artículo 21.6 de la Ley 27/2014 del IS. Para más información sobre esta última cuestión puede consultar nuestro Post | La no deducibilidad de las pérdidas por transmisión de acciones/participaciones en el IS.

En definitiva, y volviendo al régimen fiscal de las cooperativas, ante la posibilidad de que el TC acabe declarando la inconstitucionalidad del artículo 1.Primero del RDL 3/2016 relativo a los mayores límites en la compensación de las CINS de las sociedades cooperativas, cobra interés para las sociedades y los grupos fiscales de cooperativas, cuyo INCN sea o haya sido al menos de 20 millones de euros y con CINS pendientes de compensar, analizar la conveniencia de instar una rectificación de sus autoliquidaciones previas del IS. A estos efectos, conviene tener presente la institución de la prescripción tributaria (prevista en el artículo 66 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria) y el hecho de que el TC si acaba declarando la inconstitucionalidad de la norma, sería muy posible que limitara los efectos de la sentencia, como ha ocurrido en las últimas sentencias en materia tributaria.