Deducción del IVA soportado y registro en el SII-IVA

El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC), en dos resoluciones que acaba de hacer públicas, ha reiterado y consolidado su doctrina sobre la deducibilidad del Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA) soportado en relación con la obligación de registro de las correspondientes facturas en el libro registro de facturas recibidas. 

En concreto, se trata de las resoluciones de 26 de noviembre de 2024 (05888/2023) y 27 de octubre de 2025 (03742/2024) en las que se aborda la problemática sobre la deducibilidad de las cuotas de IVA soportado no registradas en el Suministro Inmediato de Información ("SII-IVA") antes del inicio del correspondiente procedimiento de comprobación por parte de la Administración tributaria (AEAT). 

El criterio de la AEAT en el procedimiento de comprobación 

En los procedimientos de comprobación de los que proceden estas resoluciones, la AEAT negó la deducción, en los periodos de liquidación objeto de comprobación, de las cuotas de IVA soportado de aquellas operaciones cuyas facturas (recibidas) no se habían registrado en el SII-IVA —en el libro registro de facturas recibidas— con carácter previo a la fecha de inicio de las actuaciones de comprobación. Sin embargo, la AEAT excluyó de esta regularización a las operaciones de adquisiciones intracomunitarias de bienes (AIB) y a operaciones interiores en las que la inversión del sujeto pasivo, en atención al principio de neutralidad y de regularización íntegra.

El criterio del TEAC

El TEAC, en ambas resoluciones, sigue manteniendo que no son deducibles las cuotas de IVA soportadas que, a la fecha de iniciarse un procedimiento de comprobación, no estuvieran debidamente contabilizadas en el libro registro de facturas recibidas llevados a través de la sede electrónica de la AEAT.

Además, el TEAC comparte el criterio de la AEAT al admitir excepciones para las adquisiciones intracomunitarias y para entregas interiores con inversión del sujeto pasivo, por aplicación del principio de neutralidad fiscal y "ausencia de riesgo de pérdida de ingresos para la Hacienda Pública". Es decir, en estos últimos supuestos se permite la deducción del IVA soportado, aunque no consten registradas en el SII-IVA las facturas recibidas al inicio de la fecha de comprobación. 

Por este mismo motivo la resolución del TEAC, de 27 de octubre de 2025, también incluye dentro de los supuestos en que no debe operar la citada regularización —estimándose en esta parte el recurso interpuesto—, las cuotas del IVA a la importación soportado, liquidadas por la aduana. Precisa pues el TEAC que debe admitirse la deducción de dichas cuotas a la importación en el periodo en que el obligado debió declarar el IVA devengado de la operación, siempre que se cumplan los requisitos materiales y no exista actuación fraudulenta, aunque la operación de importación no se hubiera registrado en el SII-IVA a la fecha de inicio de la comprobación. 

Fundamento normativo y jurisprudencial del TEAC

El TEAC fundamenta su posición de negar la deducibilidad del IVA soportado en los artículos 97 y 99 de la Ley del IVA —principalmente en el artículo 99.3— y artículos 62 y 67 del Reglamento del IVA. Recordemos que este apartado 3 del artículo 99 de la Ley del IVA establece que, mediando requerimiento o actuación inspectora, solo serán deducibles las cuotas debidamente contabilizadas en los libros registros antes del inicio del procedimiento. Las cuotas no contabilizadas podrán deducirse en la declaración-liquidación del periodo en que se contabilicen o en los siguientes, siempre dentro del plazo de cuatro años.

El TEAC también alude a algunas resoluciones previas suyas y a alguna sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea (TJUE) —como la Sentencia de 28 de julio de 2016, asunto C-332/15, Giuseppe Astone, ECLI:EU:C:2016:614—, que distingue entre el cumplimiento de los requisitos materiales y formales para el ejercicio del derecho a deducir. Sobre la base de dicha sentencia, concluye el TEAC que si bien el principio de neutralidad exige conceder la deducción cuando se cumplen los requisitos materiales, el incumplimiento de requisitos formales puede justificar la denegación si impide a la Administración verificar la realidad de la operación y el derecho a la deducción. 

Efectos prácticos de este criterio en tanto que no se pronuncie el TS o el TJUE

Las resoluciones del TEAC ponen de manifiesto la importancia de la llevanza correcta y puntual de los Libros registro a través del SII-IVA para el ejercicio del derecho a la deducción del IVA soportado, especialmente en el contexto de actuaciones de comprobación. El registro previo en el SII-IVA se configura, a juicio de la AEAT y del TEAC, como un requisito esencial, salvo en los supuestos excepcionales señalados, y su incumplimiento puede conllevar el diferimiento de la deducción de las cuotas del IVA soportado. 

Sin embargo, como ya comentamos en nuestro Post | El SII-IVA y la deducibilidad del IVA soportado —en el que comentamos una sentencia del año 2023 del Tribunal Superior de Justicia de Galicia, en sentido contrario— existen argumentos sólidos para cuestionar y rebatir este criterio interpretativo. Además de la sentencia del TJUE citada previamente, hay una doctrina jurisprudencial consolidada del TJUE sobre la incidencia que puede tener el incumplimiento de un requisito formal (como el que nos ocupa) en la deducción del IVA soportado; deducción que constituye un pilar esencial del principio de neutralidad en el IVA.

No puede descartarse que en un futuro el Tribunal Supremo (TS) o el TJUE acaben pronunciándose sobre esta cuestión tan controvertida con la administración tributaria. De hecho, el pasado 9 de diciembre de 2025, el TS dictó una sentencia (ECLI:ES:TS:2025:5821, recurso 6183/2023) en la que, en atención al principio del predominio del fondo respecto a la forma y al principio de neutralidad, admite la deducibilidad del IVA soportado ante el incumplimiento de otro requisito formal. En ella se fija la siguiente doctrina:

“Atendiendo a la garantía del principio de neutralidad en el IVA y al criterio de predominio del fondo sobre la forma, la omisión en la factura o recibo del dato relativo a que el proveedor está acogido a algún régimen especial de IVA constituye un incumplimiento formal que no es suficiente para justificar la denegación de la deducción, cuando, como aquí sucede, la aplicación de dicho régimen especial resulta del resto de menciones contenidas en la propia factura y del libro registro de facturas y cuando, además, la Administración tributaria puede contrastar tal extremo mediante los datos obrantes en su propia base de datos, al estar perfectamente identificado el proveedor en el recibo”.

Nos parece que este mismo argumento resulta extrapolable al caso analizado en esta publicación.   

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